Все пакеты находятся в специальном хранилище, называемом репозиторием. Каждый репозиторий содержит список хранящихся в нём пакетов с указанием версий, зависимостей и прочей необходимой информацией. Репозитории отличаются от обычного набора пакетов наличием метаинформации — индексов пакетов, содержащихся в репозитории, и сведений о них.

Репозитории могут находиться как на удалённом сервере, так и непосредственно на локальном компьютере.

Репозитории также можно назвать «Источниками приложений». Пользовательские компьютеры подключаются к репозиториям по сети или через интернет и при помощи специальных утилит (таких, как «apt»), которые позволяют увидеть, какие пакеты установлены в системе, какие доступны для установки.

«Сизиф» (Sisyphus) — ежедневно обновляемый репозиторий пакетов свободных программ. На его основе создаются все дистрибутивы «Альт». «Сизиф» — один из крупнейших в мире банков пакетов свободных программ с поддерживаемой целостностью. Репозиторий существует с 2001 г., в него включено более 20 000 пакетов. В основе «Сизифа» лежат технологии сборки программ и учета зависимостей между ними, а также отработанные процессы по взаимодействию разработчиков.

Поскольку «Сизиф» независим от других репозиториев, ОС «Альт» не имеют проблем с непрерывностью жизненного цикла, которые возникают, например, при нестыковке во времени выхода новых версий и внесения в них последних изменений. Также независимость репозитория снижает риски по информационной безопасности и даёт возможность непосредственно влиять на развитие репозитория и основанных на нем операционных систем.

Репозиторий «Сизиф» доступен для архитектур x86, x86_64, aarch64, armh (elvees), RISC-V, MIPS («Байкал»), Эльбрус (e2kv3, e2kv4, e2kv5, e2kv6), ppc64le. Кроме того ведется работа по портированию репозитория на другие платформы.

Сведения о пакетной базе можно получить на packages.altlinux.org